Η Ιερά Σύνοδος της Εκκλησίας της Ελλάδος τον εκλέγει το 1922, σε ηλικία 31 ετών, Μητροπολίτη Κορινθίας. Στην εκλογή Αρχιεπισκόπου Αθηνών το επόμενο έτος βρίσκεται ανάμεσα στους υποστηρικτές του Χρυσόστομου Παπαδόπουλου. Οι μεγάλες ποιμαντικές και οργανωτικές του ικανότητες σε συνδυασμό με την έντονη και πολυσχιδή προσωπικότητά του τον καθιστούν ευρύτερα γνωστό στην Ελλάδα. Οι σεισμοί της Κορίνθου στις 22 και 23 Απριλίου του 1928 γίνονται εφαλτήριο ώστε να φανεί η βαθιά μέριμνα του Δαμασκηνού για το ποίμνιό του. Ξεκινά προσπάθεια για την επαναστέγαση των σεισμοπλήκτων και την αποκατάσταση των ζημιών. Για το σκοπό αυτό μεταβαίνει στις Η.Π.Α. τον Οκτώβριο του 1928 προκειμένου να συλλέξει πόρους από τους εκεί ομογενείς. Κατά το διάστημα της παραμονής του έρχεται σε επαφή με το πρόβλημα της οξύτατης πολιτικής αντιπαράθεσης μεταξύ των Ελλήνων μεταναστών, των οποίων ο διαχωρισμός σε βενιζελικούς και βασιλόφρονες προκαλούσε αναστάτωση στην εκκλησιαστική ζωή και ταλάνιζε την Ι. Αρχιεπισκοπή Βορείου και Νοτίου Αμερικής.

Όντας σε επικοινωνία με το Οικουμενικό Πατριαρχείο και έχοντας γνώση της κατάστασης, υποβάλει πλήρη και εμπεριστατωμένη έκθεση των γεγονότων και τοποθετείται εκείνη τη χρονική περίοδο Έξαρχος του Οικουμενικού Θρόνου στην Αμερική από τον Πατριάρχη Φώτιο Β΄. Η παρουσία του και η δράση του καταφέρνουν να εξομαλύνουν σταδιακά τα πράγματα, του ανατίθεται η οικονομική επιτροπεία της Αρχιεπισκοπής και με δική του πρόταση εκλέγεται από την ενδημούσα Πατριαρχική Σύνοδο Αρχιεπίσκοπος Αμερικής ο μέχρι τότε Μητροπολίτης Κερκύρας και μετέπειτα Οικουμενικός Πατριάρχης Αθηναγόρας.

Η υπόθεση της εκλογής Αρχιεπισκόπου

Μετά το θάνατο του Αρχιεπισκόπου Χρυσοστόμου στις 23 Απριλίου του 1938 διεκδικεί στη Σύνοδο της Ιεραρχίας τη θέση του Προκαθημένου της Ελλαδικής Εκκλησίας έχοντας ως αντίπαλο το Μητροπολίτη Τραπεζούντος Χρύσανθο Φιλιππίδη, ιεράρχη με έντονη πολιτική και διπλωματική δραστηριότητα για τον ελληνισμό του Ευξείνου Πόντου και της ευρύτερης Μικράς Ασίας κατά την περίοδο 1917 – 1923 και ακαδημαϊκό.

Ο Δαμασκηνός εκλέγεται τελικά Αρχιεπίσκοπος με 31 ψήφους έναντι 30 του αντιπάλου του στις 5 Νοεμβρίου 1938. Ακολουθεί η τελετή του Μεγάλου Μηνύματος και ξεκινούν οι προετοιμασίες για την ενθρόνιση. Το μεταξικό καθεστώς, θεωρώντας τον οπαδό του βενιζελισμού και ως εκ τούτου ανεπιθύμητο για την ανάληψη της διοίκησης της Εκκλησίας, προτρέπει μία ομάδα ιεραρχών, με επικεφαλής το Μητροπολίτη Φθιώτιδος Αμβρόσιο, να καταθέσουν προσφυγή για ακύρωση της εκλογής Δαμασκηνού στο Συμβούλιο της Επικρατείας με αιτιολογία τη συμμετοχή στους εκλέκτορες του Μητροπολίτη Δρυινουπόλεως Ιωάννη, ο οποίος είχε καταδικαστεί από το Συνοδικό Δικαστήριο πρωτοδίκως σε έκπτωση από το αξίωμά του, συμμετείχε όμως της εκλογής, λόγω της αποδοχής της έφεσής του κατά της καταδικαστικής απόφασης.

Το Σ.τ.Ε., υπό την ισχυρή επιρροή της δικτατορίας, αποφάσισε οριακά, με 8 έναντι 7 ψήφων, την αποδοχή της προσφυγής των ιεραρχών και ακύρωσε την εκλογή Δαμασκηνού παρά την ένσταση άλλων 32 Μητροπολιτών. Μετά την απόφαση αυτή το καθεστώς δημοσιεύει τον ειδικό αναγκαστικό νόμο 1493 της 3 Δεκεμβρίου 1938 διορίζοντας Αριστίνδην Σύνοδο, με Μητροπολίτες προσκείμενους σε αυτό, η οποία ακυρώνει και εκκλησιαστικά την εκλογή Δαμασκηνού και εκλέγει Αρχιεπίσκοπο το Χρύσανθο. Ο Δαμασκηνός περιορίζεται, φρουρούμενος από τη Χωροφυλακή, στην Ι. Μονή Φανερωμένης στη Σαλαμίνα όπου παραμένει καθ’ όλη τη διάρκεια της διακυβέρνησης Μεταξά και του ελληνοϊταλικού πολέμου.

Επάνοδος και δράση κατά την Κατοχή

Στις 7 Απριλίου του 1941 εισβάλουν τα ναζιστικά στρατεύματα στην Αθήνα και εγκαθιδρύουν κυβέρνηση δωσιλόγων υπό το στρατηγό Γεώργιο Τσολάκογλου. Ο Αρχιεπίσκοπος Χρύσανθος αρνείται να ορκίσει την κυβέρνηση και με αφορμή τον τρόπο εκλογής του συγκαλείται στις 2 Ιουλίου του 1941, βάσει του Νομικού Διατάγματος της 17ης Ιουνίου 1941, Μείζων Σύνοδος από 23 αρχιερείς, που ακυρώνει τις πράξεις της Αριστίνδην Συνόδου και εναποδεικνύει ως Αρχιεπίσκοπο το Δαμασκηνό. Στις 5 Ιουλίου εκδίδεται απόφαση της κυβέρνησης που αναγνωρίζει την εκλογή του.

Στην όλη διαδικασία της απόδοσης στο Δαμασκηνό του θρόνου των Αθηνών σημαντικό ρόλο φαίνεται να διαδραματίζει ο φίλος του καθηγητής και ακαδημαϊκός Νικόλαος Λούβαρις, (Υπουργός Παιδείας επί Ι. Μεταξά και Ι. Ράλλη) ο οποίος φέρεται να συνέταξε έκθεση προς τις γερμανικές αρχές κατοχής για αυτό το σκοπό.

Η δράση του Αρχιεπίσκοπου Δαμασκηνού την περίοδο της Κατοχής χαρακτηρίζεται από τολμηρές πρωτοβουλίες και αγωνιώδες ποιμαντικό ενδιαφέρον για τον χειμαζόμενο ελληνικό λαό. Ενόψει του επαπειλούμενου λιμού, καταβάλει προσπάθειες για την αξιοποίηση δύο ανεκτέλεστων, λόγω του πολέμου, συμβάσεων που είχε συνάψει η κυβέρνηση Μεταξά με άλλα κράτη, την αγορά, δηλαδή, 370.000 τόνων σταριού από την Αυστραλία και την πίστωση της Τουρκίας με 600.000 τουρκικές λίρες για αγορά τροφίμων. Οι προσπάθειές του, όμως, προσκρούουν στην άρνηση της Μεγάλης Βρετανίας να επιτρέψει τον ανεφοδιασμό της κατεχόμενης Ελλάδος εξ αιτίας των πολεμικών συγκρούσεων, ενώ η σύμβαση με την Τουρκία επιφέρει ποσότητα τροφίμων, που καλύπτει ελάχιστα τις ανάγκες επισιτισμού.

Στη συνέχεια ο Αρχιεπίσκοπος οργανώνει τον Εθνικό Οργανισμό Χριστιανικής Αλληλεγγύης (Ε.Ο.Χ.Α.) με παραρτήματα σε πολλές περιοχές της Ελλάδας και επίγνοια την προώθηση τροφίμων. Παράλληλα συνέταξε το νέο Καταστατικό Χάρτη της Εκκλησίας της Ελλάδος που δημοσιεύθηκε ως Νόμος 671/1943 στις 25 Σεπτεμβρίου 1943 και κυρώθηκε μετακατοχικά με την υπ. αριθ. 184/26-3-1946 πράξη του Υπουργικού Συμβουλίου. Αυτός ο Κ.Χ. συνέχισε να ισχύει με ελάχιστες τροποποιήσεις έως το 1977.

Η μέριμνά του για τη διάσωση των Ιουδαίων στο θρήσκευμα Ελλήνων πολιτών και των αθίγγανων, οι οποίοι από το 1943 άρχισαν μαζικά να οδηγούνται σε στρατόπεδα εξολόθρευσης, είναι από τις μεγαλύτερες στιγμές του και για τη δράση του αυτή τιμήθηκε αργότερα από την Ισραηλιτική κοινότητα. Κατ’ εντολή του εκδίδονταν πιστοποιητικά βαπτίσεως για τους Εβραίους ώστε να εμφανίζονται ως Χριστιανοί και να αποφεύγεται η σύλληψη και απέλασή τους. Επανειλημμένα διαμαρτυρήθηκε στους Γερμανούς ανώτερους διοικητές για τη συνεχιζόμενη πρακτική της δολοφονίας Εβραίων. Χαρακτηριστικά όταν απέστειλε έγγραφη διαμαρτυρία την 23η Μαρτίου 1943, υπερασπιζόμενος την ιουδαϊκή κοινότητα, απειλήθηκε από το στρατηγό Στροπ με τουφεκισμό, τότε ο Αρχιεπίσκοπος Δαμασκηνός του απάντησε: "Οι Ιεράρχες της Ελλάδος, στρατηγέ Στροπ, δεν τουφεκίζονται, απαγχονίζονται. Σας παρακαλώ να σεβασθήτε αυτήν την παράδοσιν".

Υπήρξε ο ιθύνων νους της μαζικής απεργίας της 7ης Σεπτεμβρίου 1942 αποτέλεσμα της οποίας ήταν να μην αποσταλεί κανένας Έλληνας επίστρατος στο ρωσικό μέτωπο κατά τη στρατιωτική επιχείρηση Μπαρμπαρόσσα. Ακόμα παρεμβαίνει ζητώντας από τις αρχές κατοχής την παύση της επιθετικότητας των Βουλγάρων συμμάχων του Άξονα κατά των ελληνικών πληθυσμών Μακεδονίας και Θράκης. Η όλη του πρακτική εξοργίζει τους κατακτητές και τον θέτουν σε κατ’ οίκον περιορισμό το Μάιο του 1944 ενώ γίνονται και σκέψεις για αποστολή του σε στρατόπεδο της Γερμανίας.

Η παραμονή του στην Αντιβασιλεία και το τέλος