Το 1988, ξεσπά το οικονομικό σκάνδαλο Κοσκωτά στο οποίο εμφανίζεται ότι ενεπλάκησαν στελέχη της τότε κυβέρνησης, αλλά και ο ίδιος ο Ανδρέας Παπανδρέου. Ακολουθεί περίοδος μεγάλης πολιτικής έντασης. Την ίδια χρονιά ο Ανδρέας Παπανδρέου οδηγείται εσπευσμένα στο Νοσοκομείο Χέρφιλντ του Λονδίνου και υποβάλλεται σε σοβαρή εγχείρηση καρδιάς απο τον διάσημο Αιγύπτιο καρδοχειρούργο Γιακούμπ. Τα γεγονότα αυτά οδηγούν στην πτώση της κυβέρνησης του ΠΑΣΟΚ κατά τις εκλογές του Ιουνίου του 1989.

Την περίοδο της συγκυβέρνησης Τζανή Τζαννετάκη οι βουλευτές της Ν.Δ. και του Συνασπισμού παραπέμπουν τον Ανδρέα Παπανδρέου στο Ειδικό Δικαστήριο το οποίο τον αθωώνει με ψήφους 7 προς 6 για τις κατηγορίες περί εμπλοκής του στο σκάνδαλο Κοσκωτά, αλλά και για υποκλοπές τηλεφωνικών συνδιαλέξεων από την ΕΥΠ (ΚΥΠ). Η δίκη για το σκάνδαλο Κοσκωτά άρχισε στις 16 Μαρτίου 1991, στην οποία δεν παρέστη ο ίδιος, καταγγέλλοντάς την ως μεθόδευση των πολιτικών του αντιπάλων και σκευωρία εις βάρος του και εις βάρος του ΠΑΣΟΚ. Στη δίκη αυτή καταδικάστηκαν ο Δημήτρης Τσοβόλας και ο Γιώργος Πέτσος, ενώ ο συγκατηγορούμενός τους Μένιος Κουτσόγιωργας απεβίωσε κατά τη διάρκεια της δίκης.

Ο Ανδρέας Παπανδρέου ανέλαβε το μερίδιο της πολιτικής του ευθύνης όχι μόνο διότι στην περίοδο που δραστηριοποιήθηκε ο Γ. Κοσκωτάς ήταν πρωθυπουργός,αλλά και διότι η κυβέρνησή του δεν κατόρθωσε να εμποδίσει την οικονομική αναρρίχηση ενός ανθρώπου χωρίς επιφάνεια που αποδείχθηκε εκ των υστέρων απατεώνας. Αρνήθηκε όμως την οποιαδήποτε σχέση με την ποινική πλευρά της υπόθεσης.

Η επιστροφή στην εξουσία και ο θάνατος

Το 1993 ο Ανδρέας Παπανδρέου, απαλλαγμένος πλέον από τις κατηγορίες, επιστρέφει στην εξουσία με άνετη πλειοψηφία. Όμως η περιπέτεια του σκανδάλου Κοσκωτά και η πολιτική ένταση των περασμένων χρόνων έχουν επιβαρύνει πλέον σοβαρά την υγεία του και τον Νοέμβριο του 1995 εισάγεται εσπευσμένα στο Ωνάσειο καρδιοχειρουργικό κέντρο με σοβαρά προβλήματα υγείας. Οι πιέσεις που ασκούνται τον αναγκάζουν έπειτα από να υπογράψει τον Ιανουάριο του 1996 την παραίτησή του αναφέροντας ότι τα προβλήματα της χώρας δεν μπορούν να περιμένουν.

Στις 23 Ιουνίου 1996 ο Ανδρέας Παπανδρέου πεθαίνει μετά από οξύ ισχαιμικό επεισόδιο στο σπίτι του στην Εκάλη. Κηδεύεται στις 26 Ιουνίου 1996 με τιμές αρχηγού κράτους και μέσα σε πλήθος κόσμου.

Εσωτερική πολιτική

Ο Ανδρέας Παπανδρέου ανήκε στον τύπο των χαρισματικών ηγετών που έχουν την ικανότητα να διαγιγνώσκουν τις ζωτικότερες επιθυμίες της κοινής γνώμης και να τις εκφράζουν, χωρίς απαραίτητα να τις υλοποιούν. Το σύνθημα της "αλλαγής" συσπείρωσε γύρω από τον ίδιο και το κίνημά του ένα ευρύτατο φάσμα πολιτικών και κοινωνικών δυνάμεων που δεν εμφορούνταν πάντοτε από κοινές πεποιθήσεις. Θέτοντας ως βασικό άξονα της πολιτικής του το τρίπτυχο "Εθνική Ανεξαρτησία, Λαϊκή Κυριαρχία και Κοινωνική Απελευθέρωση" επιχείρησε στην εσωτερική πολιτική τομές οι οποίες, παρόλη τη ρητορική με τις οποίες τις επένδυε, δεν θα μπορούσαν να χαρακτηρισθούν σοσιαλιστικές. Εργάστηκε για την εθνική συμφιλίωση, αναγνώρισε οριστικά την Εθνική Αντίσταση και τα δικαιώματα των αγωνιστών της στον αγώνα κατά των κατακτητών, κατήργησε τις γιορτές μίσους, τα πιστοποιητικά κοινωνικών φρονημάτων, τους φακέλους της ντροπής. Σκοπός αυτής της απόφασης ήταν εν μέρει και ο επαναπατρισμός πολλών Ελλήνων πολιτικών προσφύγων από την Εποχή του Εμφυλίου. Πίστευε στην ισότητα των 2 φύλων και έδωσε πολλά προνόμια στις γυναίκες, ενώ σε αυτόν οφείλεται και η σημερινή μορφή οργάνωσης των κομμάτων.

Οικονομία

Κατα την πρώτη περίοδο διακυβέρνησης της χώρας από τον Ανδρέα Παπανδρέου οι κρατικοί μηχανισμοί διογκώθηκαν και η ιδιωτική πρωτοβουλία καταπνίχθηκε με τεράστιο οικονομικό και κοινωνικό κόστος, μια διαδικασία που είχε μάλλον ήδη ενεργοποιηθεί εν μέρει απο προηγούμενες κυβερνήσεις αλλά ποτέ σε τέτοιο βαθμό[εκκρεμεί παραπομπή]. Μέσα στο κοινωνικό κόστος περιλαμβάνεται ο υψηλός πληθωρισμός, που όμως δεν ξεπέρασε τα επίπεδα του 1980-1981 που είχε τιναχτεί στα ύψη λόγω της δεύτερης πετρελαϊκής κρίσης. Επίσης η χώρα είχε προβλήματα στο ισοζύγιο πληρωμών με συνακόλουθες διαδοχικές υποτιμήσεις της δραχμής, που όμως δεν ήταν άμοιρα της ένταξης της Ελλάδας στην Ευρωπαϊκή Κοινότητα.

Το χαρακτηριστικότερο όμως αποτέλεσμα της περιόδου ήταν στον ρυθμό αυξησης του ελληνικου εισοδηματος. Έτσι ενώ απο το τέλος του εμφυλίου και μετά η Ελλάδα συνέκλινε ταχύτατα με τις ανεπτυγμένες χωρες της Δυσης, με ετήσια ανάπτυξη απο 5 εως 7%, η διακυβέρνηση Παπανδρέου επιβράδυνε δραματικά την ανάπτυξη της χώρας, όχι μόνο ανακόπτοντας την συγκλιση αλλά φέρνοντας μια πραγματική απόκλιση. Στα γραφήματα δεξιά, υπάρχει μια ενδεικτική συγκριση της ανάπτυξης στην Ελλάδα συγκρίνοντας με άλλες χώρες, με έτη βάσης το 1950 και 1980. Όπως ειναι φτιαγμένα τα γραφήματα όταν η καμπύλη μιας χωρας είναι υψηλότερη απο μιας άλλης πλουσιότερης, εχουμε σύγκλιση αλλιως απόκλιση.

Βλέπει κανεις οτι το απο το 1965 περίπου η Ελλάδα ξεπερνάει ακόμα και την Γερμανία σε ταχύτητα ανόδου. Αντίθετα με την άνοδο του Α. Παπανδρέου στην εξουσία η Ελλάδα μένει τελευταία, πίσω και απο τις αρκετά πιο πλούσιες ΗΠΑ. Η κατασταση βελτιώνεται λίγο το 1989 που πέφτει η κυβέρνηση ΠΑΣΟΚ και ακόμα περισσότερο το 95-96 πού ο Α.Π. αποσύρθηκε απο την πολιτική. Ακόμα και τότε όμως οι ρυθμοί ανόδου δεν συγκρίνονται με την προ Παπανδρέου εποχή.

Είναι μάλιστα αξιοσημείωτο ότι όλη αυτή η αποτυχία παρά το γεγονός οτι η κυβέρνηση Παπανδρέου ξόδεψε περισσότερο δημόσιο χρήμα απο κάθε αλλη στην ελληνική ιστορία[εκκρεμεί παραπομπή]. Χαρακτηριστικό ειναι οτι το χρέος της χώρας ανέβηκε απο 21% του ΑΕΠ το 1980 σε 80% του ΑΕΠ το 1990[εκκρεμεί παραπομπή]. Ιστορική έχει μείνει η φράση του προεκλογικά το 1985 στον Υπουργό Οικονομικών Δημήτρη Τσοβόλα "Τσοβόλα δώστα όλα", που συνοψίζει την οικονομική πολιτική της εποχής: υψηλές δημόσιες δαπάνες και για πολλούς[εκκρεμεί παραπομπή] αλόγιστες αυξήσεις σε μισθούς και συντάξεις, που όμως τη δεύτερη τετραετία αναγκάστηκε να περιορίσει δραστικά με πρόγραμμα λιτότητας που εφάρμοσε για ένα διάστημα ο κατοπινός Υπουργός Οικονομικών Γεράσιμος Αρσένης.

Δήμητρα Λιάνη, Ανδρέας Παπανδρέου, επέτειος της Αποκατάστασης της Δημοκρατίας στην Ελλάδα (1994)

Διεθνής Παρουσία - Πολιτικές Πρωτοβουλίες

για αντιευρωπαϊκή και αντιαμερικανική στάση και ότι με συνθήματα που χρησιμοποίησε το 1981 ("έξω απο το ΝΑΤΟ","έξω απο την ΕΟΚ") είχε στόχο να ανακόψει την ευρωπαϊκή πορεία της χώρας και να την θέσει στο περιθώριο. Στην πραγματικότητα ο Ανδρέας Παπανδρέου δεν ήταν αντιευρωπαίος αλλά πολύ "σκληρός διπραγματευτής", θεωρούσε ότι η Ελλάδα δεν είχε λόγο παρουσίας στην Ευρώπη και το ΝΑΤΟ και η οποία θα ήταν επιζήμια για το εθνικό συμφέρον αν δεν συμετείχε "ισότιμα" με τα άλλα κράτη-μέλη. Για τον λόγο αυτό λίγους μήνες μετά την ανάληψη της διακυβέρνησης της χώρας πήρε μια σημαντική πρωτοβουλία. Κατέθεσε μνημόνιο στην ΕΟΚ με το οποίο ουσιαστικά ζήτησε και πέτυχε την επαναδιαπραγμάτευση των όρων ένταξης της χώρας μας στην Ευρωπαϊκή Κοινότητα.

Κατ' άλλους η "αντιαμερικανική" και "αντιευρωπαϊκή" του πολιτική ήταν καθαρά για εσωτερική κατανάλωση. Στην οκταετία της διακυβέρνησής του η Ελλάδα ούτε από την ΕΟΚ ούτε από το ΝΑΤΟ αποχώρησε και η σύμβαση με την αμερικανική κυβέρνηση για τις αμερικανικές βάσεις ανανεώθηκε χωρίς ουσιαστικές τροποποιήσεις. Την ίδια περίοδο η ελληνική κυβέρνηση ουδέποτε αρνήθηκε ούτε την παροχή οικονομικής βοήθειας από την ΕΟΚ ούτε την παροχή στρατιωτικής βοήθειας από τις ΗΠΑ.

Τον Μάρτιο του 1985 με πρόταση του, το Ευρωπαϊκό Σύμβούλιο καθιέρωσε τα Μεσογειακά Ολοκληρωμένα Προγράμματα (ΜΟΠ), που έδωσαν την δυνατότητα στις χώρες της Νοτίου Ευρώπης και της Μεσογείου να επιταχύνουν την ανάπτυξη τους σε σύγκριση με τις χώρες της Βορείου Ευρώπης. Ήταν ιδιαίτερα ενεργητικός και δραστήριος πολιτικός,δεν παρακολουθούσε απλά το διεθνές πολιτικό σκηνικό αλλά συμμετείχε ενεργά σε αυτό δημιουργώντας κινήσεις και παίρνοντας πρωτοβουλίες για την επίλυση διαφόρων διεθνών προβλημάτων. Χαρακτηριστική του πρωτοβουλία ήταν το 1985 και η επιτυχημένη διαιτησία της χώρας μας κατά την οποία βρέθηκε συμβιβαστική λύση στις εδαφικές διενέξεις Γαλλίας και Λιβύης στο Τσαντ μετά από συνάντηση στην Κρήτη των Παπανδρέου, Μιτεράν, Καντάφι γνωστή ως «Συμφωνία της Ελούντας».